ศูนย์บริหารจัดการน้ำจังหวัดแพร่ จัดตั้งขึ้นเมื่อ วันที่ 8 มิถุนายน 2556 โดยได้รับคำแนะนำจากท่านดร.สุเมธ ตันติเวชกุล ประธานกรรมการมูลนิธิอุทกพัฒน์ในพระบรมราชูปถัมภ์ ซึ่งท่านได้มีการแนะนำ ให้ใช้ข้อมูลสารสนเทศและการจัดการข้อมูล พร้อมกับ ดร.รอยล จิตรดอน กรรมการและเลขาธิการมูลนิธิอุทกพัฒน์ ในพระบรมราชูปถัมภ์ (ตำแหน่ง ณ ขณะนั้น) แนะนำให้มีการจัดตั้ง “ศูนย์บริหารจัดการน้ำจังหวัด” เพื่อดำเนินการแก้ไขปัญหาอุทกภัย ภัยแล้ง ด้วยการใช้ข้อมูลเทคโนโลยีสารสนเทศ และการจัดเก็บข้อมูล ติดตามสถานการณ์น้ำของจังหวัด ทั้งในฤดูแล้ง และฤดูฝน ได้จัดทำบันทึกข้อตกลงความร่วมมือ “การป้องกันและแก้ไขปัญหาอุทกภัยและภัยแล้งด้วยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี” ระหว่างจังหวัดแพร่กับสถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำและการเกษตร (องค์การมหาชน) และองค์การบริหารส่วนจังหวัดแพร่
ศูนย์บริหารจัดการน้ำจังหวัดแพร่ เป็นศูนย์ฯ แห่งแรกที่มีความร่วมมือทั้ง 3 ฝ่าย ในการบริหารจัดการน้ำของจังหวัดตามข้อตกลง มีการแบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบ และการบังคับบัญชาที่ชัดเจน การตั้งคณะกรรมการในแต่ละระดับ คือ ระดับคณะกรรมการยุทธศาสตร์จังหวัด และคณะปฏิบัติการประจำศูนย์ในการทำงานติดตามสถานการณ์ตลอด 24 ชั่วโมง โดยมีการจัดบุคลากรประจำศูนย์ฯ จากองค์การบริหารส่วนจังหวัดและคณะกรรมการปฏิบัติงาน ส่วนราชการที่มีความเกี่ยวข้องในการบริหารจัดการน้ำ การดำเนินงานสามารถรวบรวมข้อมูลของจังหวัดเพื่อนำไปสู่การพัฒนาจังหวัดและการดำเนินงานตามนโยบายของรัฐบาลได้